پس از گمانه‌زنی‌های بسیار درباره دبیری شورای عالی امنیت ملی، حسن روحانی در پایان علی شمخانی را برای این سمت در نظر گرفته و طی حکمی او را به جای جلیلی نصب کرد. شورای عالی امنیت ملی تقریباً بالاترین نهاد در زمینه هماهنگی مسائل امنیتی در سطح کشور است؛ به این دلیل که مصوبات شورای عالی امنیت ملی با تأیید رهبری، لازم‌الاجرا می‌شود و دیگر نیاز به مسیرهای معمول قانونی ندارد. علی شمخانی 58 ساله و متولد اهواز است و پیش از انتصاب به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی، مدتی رئیس کمیته دفاعی – امنیتی این شورا بود. شمخانی از جمله نظامیان منتقد احمدی‌نژاد بود که در دولت خاتمی وزارت دفاع را برعهده داشت. موضوع انتخاب دبیر شورای عالی امنیت ملی باتوجه به نقشی که سعید جلیلی در مذاکرات هسته‌ای سال‌های اخیر ایفا کرد، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار شد. گمانه‌زنی‌های بسیاری نیز در این باره وجود داشت که نام‌هایی
